一种模块化燃料电池系统,其特征在于,包括：电堆模块总成；连接模块,设置于所述电堆模块总成的一侧；辅机模块总成,设置于所述连接模块相对于设置所述电堆模块总成的另一侧；电气模块总成,设置于所述电堆模块总成相对于设置所述连接模块的另一侧；外封装总成,包括电堆模块封装箱和辅机模块封装箱,所述电堆模块封装箱和所述辅机模块封装箱通过所述连接模块固联构成分别用于容纳所述电堆模块总成及所述电气模块总成和所述辅机模块总成的容纳空间；所述电堆模块总成、所述辅机模块总成和所述电气模块总成通过所述外封装总成封装形成独立的、具有预设密封等级的燃料电池系统；在距离系统线路密集的所述辅机封装箱侧部固定有系统控制单元。