一种双区电池热管理系统,其特征在于包括:BMS电源管理系统,用于分别采集双电池系统中大容量电池包及小容量电池包的电量、系统温度；当两个电池包系统温度超过最高温度阈值或低于最低温度阈值时,分别对应发送冷却信号或加热信号；冷却控制系统,用于接收BMS电源管理系统发送的冷却信号,产生冷空气；热管理回路系统,用于接收BMS电源管理系统发送的加热信号,产生热空气；并将冷却控制系统产生的冷空气或所述热空气形成回路,对双电池系统的大容量电池包区和/或小容量电池包区进行加热或冷却,即分别对大容量电池包区大容量电池包和/或小容量电池包区中的小容量电池包进行加热或冷却。