一种二次电池与超级电容混合储能管理系统,包括有构成连接回路的总线电流和电压监测、DC/AC、负载、集中管理子系统；所述集中管理子系统分出三条支路,其分别连接有电池管理子系统、超级电容管理子系统、上位机；所述电池管理子系统连接有多个电池管理子单元支路,电池管理子单元支路连接到总线电流和电压监测及DC/AC之间,每个电池管理子单元支路上依次连接有电池组、第一双向变换器,所述电池管理子系统还分别与每个双向变换器连接；所述超级电容管理子系统连接有多个超级电容管理子单元支路,超级电容管理子单元支路连接到总线电流和电压监测及DC/AC之间,每个超级电容管理子单元支路上依次连接有超级电容器组、第二双向变换器,所述超级电容管理子系统还与每个第二双向变换器连接；上述每个电池管理子单元支路和超级电容管理子单元支路交错排列；集中管理子系统用于根据负载、电池组和超级电容器组的状态,将储能系统中各电池组和超级电容器组进行组合搭配,汇总电池和超级电容的状态数据,与上位机通讯；所述上位机,其用于显示混合储能系统中所有单体电池和超级电容器的状态,包括电压、电流、温度信息,均衡信息,告警信息,充放电情况,剩余容量等。